Seit 1948 sind die evangelisch-lutherischen Christen in Mecklenburg und Bayern partnerschaftlich miteinander verbunden, erste Anfänge reichen bis in die 1930er Jahre zurück. Derzeit halten mehr als 30 Kirchengemeinden in Bayern und Mecklenburg Kontakt miteinander.

Allerdings ist die Zahl vor dem Mauerfall deutlich höher gewesen: Zu DDR-Zeiten hatte fast jede mecklenburgische Kirchengemeinde eine Partnergemeinde im Freistaat. Dabei lief der Kontakt manchmal über mehrere Ecken: So trafen sich junge Christen aus Bayern und Mecklenburg beispielsweise in der damaligen Tschechoslowakei zu gemeinsamen Freizeiten.

Inzwischen arbeiten bayerische Theologen als Vikare und Pfarrer in Mecklenburg, ein mecklenburgischer Pastor wechselte nach Bayern. 

Zudem unterstützt die ELKB die Stiftung „Kirchliches Bauen in Mecklenburg“ mit Spenden und Kollekten. Sie dient vor allem dem Erhalt der 664 mecklenburgischen Dorf- und Stadtkirchen.